Bernhard Heinzmann wurde am 20. August 1903 in Böhmenkirch im Landkreis Göppingen (heute in Baden-Württemberg) als 14. von 15 Kindern eines Landwirts geboren. Nach dem Noviziat bei den Franziskanern in Salmünster (Hessen) von 1923 bis 1924, die er aus gesundheitlichen Gründen abbrach, entschloss er sich Priester zu werden und wurde schließlich am 14. Juli 1929 geweiht.

Nach kurzer Tätigkeit als Kaplan in Amendingen, einem Stadtteil von Memmingen (Bayern), wurde Heinzmann als Stadtkaplan nach Starnberg versetzt. Dort blieb er jedoch nicht lange, da er aufgrund seiner kritischen Aussagen gegenüber Nationalismus und Rassenwahn – auch bereits vor der NS-Zeit – immer wieder seine Aufenthaltsorte wechseln musste. So wandte er sich in Starnberg gegen anti-französische Polemik, denn auch die Franzosen seien „Geschöpfe Gottes“. Weiters argumentierte er unter Verweis auf die Internationalität der katholischen Kirche gegen das Singen eines anti-italienischen Lieds bei einer Gesellenvereinsversammlung. 1931 kam Heinzmann nach Benediktbeuern, ein Jahr später nach Wiggensbach und schließlich nach Hochgreuth im Oberallgäu. Heinzmanns Vorgesetzte wollten durch diese Versetzungen den starken Anfeindungen entgegenwirken und die Situation beruhigen.

1935 teilte Bernhard Heinzmann seinem Diözesanbischof in Augsburg mit, dass „wiederholte politisch-polizeiliche Untersuchungen“ gegen ihn stattfinden würden und er unlängst aufgrund einer Predigt schriftlich verwarnt wurde. Immer wieder wurde er, unter anderem wegen seiner Ansicht, dass man keine „Menschenvergötterung“ betreiben, sondern das Heil nur von Christus erwarten sollte, gerichtlich verwarnt. Außerdem äußerte sich Heinzmann kritisch über die von den NS-Behörden angeordneten Beflaggungen.

Durch den Druck der NSDAP in Hochgreuth und ihre Drohungen mit „polizeilichen Maßnahmen“ verließ Heinzmann im Jahr 1940 seine Pfarre „freiwillig“.

Weil er den Menschen seiner danach zugewiesenen Pfarrei Illerbeuren (Landkreis Unterallgäu) eine dreitägige Finsternis mit gewaltigem Gewittersturm prophezeite, die einem alten Aberglauben zufolge dem Ende des „Dritten Reiches“ vorausgehen sollte, wurde Heinzmann am 6. Jänner 1941 wegen „Verbreitens beunruhigender Gerüchte“ verhaftet.

Aus seiner Gefängniszelle in Augsburg wurde Heinzmann am 11. April 1941, einem Karfreitag, in das KZ Dachau überstellt. Im Mai 1941 kam er dort in die „Heil- und Gewürzkräuter-Abteilung“, kurz „Plantage“.

Aufgrund einer Erkrankung musste Heinzmann in das Lagerkrankenhaus, das „Revier“. Er erholte sich schnell, wurde aber länger dort behalten, da er sich nützlich machte und die Pfleger unterstützte. Er dürfte von seinem drohenden Schicksal gewusst haben, denn am 3. Juli 1942 verfasste Heinzmann einen letzten Brief an seine Schwester Emma, in dem er festhielt, dass er „lieber unter den Gefallenen als unter den Invaliden“ sei. Es ist überliefert, dass Heinzmann seine Mitgefangenen im „Revier“ ermunterte, tröstete und mit den Sterbesakramenten versah.

Als Bernhard Heinzmann am 10. August 1942 zum „Invalidentransport“ aufgerufen wurde, verabschiedete er sich noch von seinen Kameraden. Er sagte, dass er den für seine Verhaftung Verantwortlichen verzeihe und dass er bereit sei „als Opfer für die anderen Priester zu sterben“. Seine letzten Worte waren: „Ich gehe jetzt zu Gott, ja, es gibt ihn“. Danach verließ der „Invalidentransport“ mit insgesamt 97 Häftlingen das KZ Dachau in Richtung Hartheim.

Seine angebliche Asche wurde am 15. Oktober 1942 im elterlichen Grab in Böhmenkirch beigesetzt. In der dortigen Kirche erinnert ein Votivfenster an ihn. Ebenso existiert in Illerbeuren, seinem letzten Wirkungsort, eine Gedenktafel am dortigen Pfarrhof.