Johann Frehse wurde am 10. Jänner 1886 in Bantow bei Neubukow (heute Mecklenburg-Vorpommern) als Sohn des Landarbeiters Fritz Frehse geboren. Dort besuchte er auch die Dorfschule. Frehse erlernte den Beruf des Schiffszimmermanns und arbeitete später in Wismar als Fischer.

1910 heiratete Johann Frehse die Steinmetzmeistertochter Emma Pauksch aus Wismar.

Er leistete seinen Militärdienst ab und verlor im Ersten Weltkrieg durch eine Explosion die linke Hand und das linke Augenlicht.

1928/29 trat Johann Frehse dem „Internationalen Bund der Opfer des Krieges und der Arbeit“ – einem politisch links stehenden Kriegsopfer- und Arbeitsinvaliden-Verband – bei, im Jahr 1931 wurde Frehse Mitglied der Kommunistischen Partei Deutschlands (KPD), bei der er Funktionär, Politischer Leiter und Kassier wurde.

Nach der Machtübernahme der NSDAP ging Johann Frehse, der schon vor 1933 an antifaschistischen Aktionen teilgenommen hatte, in den Widerstand. Er war erheblich daran beteiligt, Widerständler mit seinem Fischerboot nach Dänemark ins Exil zu bringen. Als er dem Vorsitzenden der Wismarer Ortsgruppe der KPD zur Flucht nach Dänemark verhelfen wollte, wurde er am 7. Mai 1934 verhaftet. Am 6. Dezember 1934 verurteilte man ihn dafür in einem Hochverratsprozess zu 1 ½ Jahren Gefängnis, die er in der berüchtigten Haftanstalt Bützow absitzen musste.

Nach seiner Entlassung lebte Johann Frehse wieder bei seiner Familie in Wismar, wurde jedoch im November 1939 erneut durch die Gestapo verhaftet. Ein Gastwirt in der Nähe von Wismar hatte ihn verraten. Frehse kam anschließend in das Konzentrationslager Sachsenhausen und wurde am 29. August 1940 in das Konzentrationslager Dachau überstellt.

Im Rahmen der „Sonderbehandlung 14f13“ wurde Johann Frehse am 20. Jänner 1942 nach Hartheim gebracht und ermordet. Diese Mordaktion richtete sich vor allem gegen invalide und arbeitsunfähige KZ-Häftlinge. Insgesamt wurden fast 2.600 in Dachau inhaftierte Menschen in Hartheim getötet.

Nach den offiziellen Angaben der Lager-SS verstarb Johann Frehse am 26. Februar 1942 im KZ Dachau, denn die Morde in Hartheim unterlagen strengster Geheimhaltung. Hartheim als Zielort des Transports bzw. als Todesort wurde in der Sterbeurkunde und anderen Unterlagen des KZ Dachau nicht angegeben.

Nach 1945 wurde am Friedhof in Wismar eine Gedenktafel für Opfer des Faschismus angebracht, auf der Johann Frehse – aber noch mit Todesort Dachau – genannt wird. Bis 1990 trugen eine Schule und ein Platz in Wismar Frehses Namen. Vor der heutigen Anker-Schule an der Kapitänspromenade gibt es noch einen Gedenkstein für ihn. Auch waren zu DDR-Zeiten Schiffe und ein Ferienheim an der Ostsee nach Johann Frehse benannt.

Im Jahr 2008 wurde neben anderen NS-Opfern auch für Johann Frehse ein „Stolperstein“ in seiner Heimatstadt Wismar verlegt. In einem Bericht in der Wismarer Zeitungvom 16. Juli 2008 wird aber fälschlicherweise noch das KZ Dachau als Todesort angegeben. Laut Berichten in regionalen Zeitungen wurde der Stein im selben Jahr aus dem Boden herausgerissen und mitgenommen. Es dürfte sich dabei um eine Tat mit rechtsradikalem Hintergrund gehandelt haben. Am 20. November 2008 wurde schließlich ein neuer „Stolperstein“ für Johann Frehse verlegt.